Denizcilik Müsteşarlığı, Bilgi Teknolojileri Kurumu ve Gümrük Müsteşarlığı'na bağlı Bölge Müdürlükleri ile bunlara bağlı Liman Başkanlıkları:

İstanbul Bölge Müdürlüğü ve Liman Başkanlıkları

•  Yalova
•  İzmit
•  Şile
•  İğneada
•  Tekirdağ
•  Silivri
•  Karasu
•  Tuzla

İzmir Bölge Müdürlüğü ve liman Başkanlıkları

• Bodrum
• Marmaris
• Fethiye
• Göcek
• Çeşme
• Foça
• Datça
• Kuşadası
• Dikili
• Güllük
• Aliağa

Çanakkale Bölge Müdürlüğü ve Liman Başkanlıkları

• Ayvalık
• Erdek
• Marmara Adası
• Gemlik
• Enez
• Gelibolu
• Bandırma
• Edremit
• Gökçeada
• Karabiga
• Mudanya
• Bozcada

Antalya Bölge Müdürlüğü ve Liman Başkanlıkları

• Kaş
• Finike
• Kemer
• Alanya